問題半分解決

　ntupdateで、ルートディレクトリからコピーすると不可視になるのは仕様とのこと。単純に属性をコピーするとそうなるそうで。そういう動作が仕様なら問題なし。

　これで問題は半分解決。

　残りの半分は、ある特定のマシンに接続した場合のみ、エクスプローラで隠しディレクトリが見えない問題。もちろん、隠しファイルも表示する設定にしています。